Hijo de los príncipes de Éboli, por su condición de segundón accedió a la carrera eclesiástica tomando los hábitos en el convento franciscano de Nuestra Señora de La Salceda, cercano a Pastrana.  Aunque bautizado con el nombre de Fernando, adoptó el nombre de su antepasado el gran cardenal Mendoza y ejerció el liderazgo de la casa ducal de Pastrana junto con su hermano el II duque.

Alcanzó puestos de gran importancia en la orden franciscana, siendo Vicario General y llegando a ser nombrado arzobispo de Granada y Zaragoza y obispo de Osma y Sigüenza. Fue uno de los mayores impulsores y defensores del dogma de la Inmaculada Concepción. Impulsó la ampliación de la antigua iglesia románico-gótica pastranera hasta convertirla en la gran colegiata que es hoy en día, creando un templo con una función funeraria, pues junto a la edificación y ampliación de la iglesia, ordenó construir la cripta para el entierro de los miembros de su casa. Igualmente dotó a la iglesia de numerosas obras de arte y objetos litúrgicos además de fundar el colegio de San Buenaventura.